Todo trabajador activo o pasivo está obligado a cotizar el 7% de sus ingresos imponibles para el financiamiento de su seguro de salud, pero con libertad en la elección entre opciones públicas y privadas. El Fondo Nacional de Salud (FONASA) es el seguro público de salud mientras que las aseguradoras privadas son las Instituciones de Salud Previsional (ISAPRE), o bien otras entidades aseguradoras de grupos específicos de afiliados, como en el caso de las Cajas de Previsión de Fuerzas Armadas y de Orden. En consistencia con los principios y marco normativo del sistema chileno de salud, existe gran amplitud de opciones para que los asegurados públicos y privados puedan optar a diversos tipos de centros asistenciales de salud, sean estos públicos o privados (figura 7.1). (1,4)
 
En 2011, el 76,2% de la población eran beneficiarias de FONASA (13,2 millones de personas), de los cuales sólo el 41,4% eran cotizantes. Por su parte el sistema ISAPRE concentra en sus beneficiarios el 16,9% de la Población de las cuales el 50,3% son cotizantes, el resto de la población el 6,9% corresponde a  particulares y FF.AA. El 27,4% de cotizantes de FONASA son mayores de 60 años (grupo de edad donde se acumula paulatinamente mayor carga de enfermedad y necesidad de atención de salud), pero sólo 3,3% de los cotizantes de ISAPRE tiene ese rango de edad. (2,9)

Las cotizaciones representan alrededor de un tercio del gasto en salud y el gasto de bolsillo otro tercio (el restante proviene de aporte fiscal directo). El gasto de bolsillo puede significar una gran desprotección en personas de bajos recursos y contribuir a la inequidad, especialmente cuando hay gran desigualdad de ingreso, como en el caso chileno (6)

El aseguramiento privado de ISAPRE, y la mantención de sus beneficiario adscritos como tales a ese sistema, está relacionado con la mantención del empleo formal, la posibilidad de aportar cotizaciones oportunamente, y las alzas periódicas de planes. FONASA por otro lado, cumple con el rol de fondo de seguridad pública y además debe prestar beneficios a quienes no tienen empleo o capacidad suficiente para cotizar. Ambos sistemas enfrentan un permanente desafío que es distinto: en el caso de ISAPRE, se busca retener o aumentar su número de cotizantes, lo que depende de que dicho cotizante tenga capacidad de pago de prima (por lo tanto empleado), y en el caso de FONASA debe responder a sus beneficiarios por un lado, pero a su vez aportar beneficios a quienes no trabajan, lo hacen muy esporádicamente (como temporeros( o tienen empleos informales) y por lo tanto no contribuyen con cotizaciones que permitan asegurar el financiamiento adecuado de ese Fondo público.(5,6)

La población adscrita al sistema ISAPRE ha disminuido en los últimos años, en que han influido factores como la selección de cotizantes en que se ofrecen más altos planes de seguro a quienes tienen enfermedades preexistentes o mayor edad o riesgo de enfermar. En contraste, FONASA ha incrementado su población relacionada con una migración del sector privado al público y un aumento de la población chilena (figura 7.2). FONASA es menor en el grupo de 20 a 44 años y aumenta progresivamente a grupos de mayor edad; en circunstancias que en grupo de mayor edad se concentran jubilados – a los cuales se les eliminó en 2011 el descuentos de 7% en sus pensiones – y mayor carga de enfermedad y mayor necesidad de atención de salud. (9) 

La expectativa inicial sobre la cobertura de FONASA, en el modelo establecido en la década de 1980, asumía que bajo ámbito de crecimiento económico y privatización, este sistema previsional público sólo se enfocaría en las personas consideradas pobres y el resto optaría por adscribir la previsión privada de ISAPRE. Sin embargo ello no ha ocurrido, por cuanto el nivel de aporte financiero requerido para acceder al mercado de la salud (gastos previsionales, al momento de uso y en medicamentos) es bastante mayor al gasto necesario para acceder al consumo de otros bienes básicos (menos onerosos). Después de cuatro décadas, más de tres cuartos de la población continúa a adscrito a FONASA (figura 8.2). La cobertura de FONASA tiende a ser mayor en los grupos con menor nivel socioeconómico, superando el 90% en el decil de comunas con la población de menor nivel (decil 1); sin embargo, la cobertura de FONASA incluso supera el 50% en el decil de mayor nivel socioeconómico (figura 7.3).

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